La sintomatología de esta enfermedad es amplia y variada: sin embargo, los síntomas pueden estar ausentes, lo que dificulta el diagnóstico.

Los niños entre 9 y 24 meses presentan náuseas, vómitos, diarreas, distensión abdominal, pérdida de masa muscular y peso, fallo de crecimiento, laxitud e irritabilidad. Después de los tres años son frecuentes las deposiciones blandas, talla baja, anemias ferropénicas resistentes a tratamiento y alteraciones del carácter. En los adolescentes, en cambio, suele ser asintomática.

En adultos, la máxima incidencia se registra en mujeres entre 30 y 40 años de edad, aunque el 20% de los pacientes superan los 60 años en el momento del diagnóstico. Los síntomas más frecuentes son fatiga (82%), dolores abdominales (77%), meteorismo (73%) y anemias ferropénicas (63%). El estreñimiento está presente en el 10% de los casos, y frecuentemente son diagnosticados de síndrome de intestino irritable (30%). La osteomalacia, osteopenia y osteoporosis son habituales (36%), incluso en ausencia de malabsorción, con el consiguiente incremento del riesgo de fracturas.

El paciente celíaco puede presentar alguno de los síntomas descritos a continuación:

   - Diarrea crónica

   - Distensión abdominal

   - Carácter irritable

   - Deposiciones blandas, frecuentes, abundantes, pálidas y fétidas

   - Disminución del panículo adiposo

   - Palidez

   - Anorexia

   - Hipotrofía muscular, especialmente de miembros y nalgas

   - Debilidad generalizada

   - Vómitos y estreñimiento

Por otro lado, la enfermedad celíaca puede presentarse de forma más o menos silente, es decir, sin síntomas, pero con lesión de las vellosidades intestinales, sobre todo en personas adultas.

Además pueden observarse, esporádicamente, una amplia variedad de síntomas extraintestinales secundarios, casi todos debidos a situaciones carenciales de vitaminas y sales minerales:

Síntomas Extraintestinales
· Alteraciones del crecimiento · Raquitismo · Fracturas espontáneas · Osteoporosis y dolores óseos · Tetania · Alteraciones del esmalte dental · Anemia ferropénica · Anemia megaloblástica · Edemas	· Abortos de repetición · Cefalea · Depresión y trastornos psiquiátricos · Anorexia intensa · Erupciones cutáneas · Artritis · Atrofia esplénica · Esterilidad